Pada tahun 1986, KH. Agus Sunyoto menempuh jenjang pasca sarjana di IKIP Malang jurusan Pendidikan Luar Sekolah lulus pada tahun 1989.
Selain itu, juga belajar ke beberapa Kiai di berbagai daerah antara lain, KH. M. Ghufron Arif di Pesantren Nurul Haq Surabaya, KH. Ali Rochmat di Demak Jawa Tengah, KH. Abdul Ghofur Mustaqim dan KH. Abdul Jalil Mustaqim pengasuh Pesulukan Thariqah Agung di Kauman, Tulungagung.
KH Agus Sunyoto adalah sejawan Nahdlatul Ulama yang ahli dalam sejarah penyebaran Islam di Nusantara.
Pengalamannya dibidang sastra dan jurnalistik sejak 1989 membuat berbagai tulisannya cukup detail dalam menggambarkan bagaimana Islam masuk ke Nusantara.
Berikut adalah beberapa buku yang ditulis oleh KH. Agus Sunyoto:
Atlas Wali Songo (2012), Gajah Mada (2019), Pesona Wisata Kabupaten Malang (2001), Wisata Sejarah Kabupaten Malang (1999).
Darul Arqam: Gerakan Mesianik Melayu (1996), Banser Berjihad Melawan PKI (1995), Sunan Ampel: Taktik dan Strategi Dakwah Islam di Jawa (1990), Suluk Abdul Jalil: Perjalanan Ruhani Syeh Siti Jenar, buku 1 dan 2 (2003), dan beberapa yang lainnya.***